O comando do Batalhão de Operações Policiais Especiais (BOPE) geralmente está sob a autoridade da instituição policial à qual pertence.
Em contextos estaduais no Brasil, onde a Polícia Militar geralmente é responsável pelas atividades policiais ostensivas, o comando do BOPE é parte integrante da estrutura dessa Polícia Militar.
O BOPE é liderado por oficiais designados para essa função, como um comandante de batalhão. Esse comandante, por sua vez, está subordinado à cadeia de comando da Polícia Militar do respectivo estado.
A estrutura hierárquica do BOPE segue os protocolos da instituição policial, e as decisões estratégicas e operacionais são tomadas em conformidade com as políticas e diretrizes estabelecidas pela liderança da Polícia Militar.
É importante ressaltar que as forças especiais como o BOPE, apesar de terem uma autonomia operacional considerável para lidar com situações de alto risco, ainda operam dentro dos parâmetros legais e regulamentares estabelecidos pela instituição policial e pelas leis do país.
O comandante do BOPE, assim como outros líderes militares ou policiais, é responsável por garantir que as operações da unidade estejam alinhadas com os princípios éticos, legais e de respeito aos direitos humanos.